產(chǎn)品中心
PRODUCT CENTER
Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒
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貨號(hào) |
產(chǎn)品名稱 |
產(chǎn)品規(guī)格 |
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CA101 |
BcMag? 快速 Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒 |
100 mg 磁珠 |
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CA102 |
BcMag? 快速 Oligo-DNA 偶聯(lián)試劑盒 |
200 mg 磁珠 |
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Cat# |
Kit components |
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CA-101 |
5ml Carboxy-terminated Magnetic beads. 5ml 2x suspension Buffer: 10ml 10x Washing Buffer 0.15 g EDC(1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide) (Upon receipt store at -20°C) |
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CA-102 |
10ml Carboxy-terminated Magnetic beads. 10ml 2x suspension Buffer: 20ml 10x Washing Buffer 0.3 g EDC(1-ethyl-3-(3-dimethylaminopropyl) carbodiimide) (Upon receipt store at -20°C) |
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產(chǎn)品特性 |
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組成 |
組成 |
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磁珠大小 |
磁珠大小 |
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磁珠數(shù)量 |
磁珠數(shù)量 |
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磁力大小 |
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磁力類型 |
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有效密度 |
有效密度 |
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穩(wěn)定性 |
穩(wěn)定性 |
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濃度 |
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結(jié)合能力 |
結(jié)合能力 |
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儲(chǔ)存 |
儲(chǔ)存 |
“這種快速寡核苷酸-DNA綴合方案提供了一種簡單有效的方法，用于將短寡核苷酸連接到DNA鏈上。
該方法適用于多種應(yīng)用，包括DNA標(biāo)記，引物延伸和DNA組裝。”
BcMag? Quick Oligo-DNA Conjugation Kit可以快速，有效地將寡核苷酸DNA固定到我們專有的磁珠上。為了更安全的連接，該試劑盒設(shè)計(jì)為使用交聯(lián)劑為1-乙基-3-（3-二甲氨基丙基）碳二亞胺（EDC），將氨基修飾的寡核苷酸共價(jià)固定到活化的羧基磁珠表面（圖1）。
操作流程
BcMag?快速Oligo DNA偶聯(lián)試劑盒的工作流程非常簡單方便。首先，將羧基磁珠清洗并重懸于緩沖液中。然后將氨基修飾的寡核苷酸與EDC交聯(lián)劑一起添加到磁珠溶液中。使反應(yīng)進(jìn)行過夜孵育，在此期間寡核苷酸共價(jià)固定在磁珠表面。
然后將所得的磁珠-寡核苷酸結(jié)合物清洗，并重懸于緩沖液中，準(zhǔn)備用于下游應(yīng)用，例如PCR，雜交和測(cè)序。
特點(diǎn)和優(yōu)勢(shì)
l 快速、簡單的一步法操作過程
l 中性鍵---在羧基和氨基之間形成中性的酰胺鍵
l 穩(wěn)定的共價(jià)鍵，最小的配體泄漏
l 固定效率高
l 可根據(jù)需求調(diào)整試驗(yàn)樣品體積大小，便與自動(dòng)化操作
l 結(jié)果的可重復(fù)性好
應(yīng)用范圍
BcMag? 快速Oligo DNA偶聯(lián)試劑盒適用于多種應(yīng)用，包括PCR，雜交和測(cè)序。所得的磁珠-寡核苷酸綴合物可用于多種下游應(yīng)用，包括RNA和DNA測(cè)序，突變檢測(cè)和基因分型。
操作協(xié)議
此操作過程可以適當(dāng)?shù)姆糯蠡蛘呖s小
材料要求
l 磁力分離器（手動(dòng)操作使用）
根據(jù)樣品體積，用戶可以選擇以下磁力分離器之一：BcMag? separator-2可以容納兩個(gè)單獨(dú)的1.5 ml離心管(Cat.# MS-01); BcMag? separator-6可以容納六個(gè)單獨(dú)的1.5 ml離心管(Cat.# MS-02); BcMag? separator-24可以容納24個(gè)單獨(dú)的1.5-2.0 ml離心管(Cat.# MS-03); BcMag? separator-50可以容納一個(gè)單獨(dú)的50 ml離心管，一個(gè)15ml的離心管，以及四個(gè)1.5ml離心管(Cat.# MS-04); BcMag? separator-96可配套使用 96孔 ELISA板或者96孔PCR板 (Cat.# MS-05). 對(duì)于大體積生物樣品純化，可選用陶瓷磁體塊分離器（6英寸x 4英寸x 1英寸氧化鐵磁體塊，應(yīng)用磁體，Cat# CERAMIC-B8）。
l Corning 430825 細(xì)胞培養(yǎng)瓶適用于大規(guī)模純化(Cole-Parmer, Cat#EW-01936-22)
l Mini BlotBoy 3D搖床，定速型，小型10x 7.5平臺(tái)，帶平墊（Benchmark Scientific, Inc. Cat# B3D1008）或類似型號(hào)
A. Oligo-DNA的準(zhǔn)備
1. 合成的oligo-DNA需要在3’或5’端修飾添加氨基。（基因合成公式會(huì)提供這種服務(wù)）
注：強(qiáng)烈建議在末端氨基和DNA序列之間的寡核苷酸DNA序列中添加10-15個(gè)額外的核苷酸，以克服設(shè)計(jì)目標(biāo)寡核苷酸-DNA序列結(jié)合時(shí)的空間位阻問題。可用標(biāo)準(zhǔn)脫鹽或其他方法純化寡核苷酸DNA。
2. 將oligo-DNA溶解在1x suspension buffer中濃度為5-10μg/ul（可選：從oligo-DNA溶液中吸取2-5μl，轉(zhuǎn)移到新的離心管中，并將管標(biāo)記為C1）
B. 偶聯(lián)緩沖液的準(zhǔn)備:
1.通過向1ml 的1x suspension buffer中添加19 mg EDC制備偶聯(lián)緩沖液（偶聯(lián)緩沖液必須在使用前現(xiàn)配現(xiàn)用）
C.偶聯(lián)反應(yīng)
1.震動(dòng)試劑瓶，徹底重新懸浮磁珠。
2.將1ml磁珠（20mg/ml）轉(zhuǎn)移至試管中。將試管放在磁力分離器上1-3分鐘。保持試管留在分離器上的同時(shí)去除上清液。
3.從磁力分離器上取下試管，并用1ml的suspension buffer將磁珠徹底再懸浮。再將試管放在磁力分離器上1-3分鐘。保持試管留在分離器上的同時(shí)去除上清液。
4.重復(fù)步驟3一次
5.從磁力分離器上取下試管，并用200μl的coupling buffer徹底重新懸浮磁珠。將磁珠與步驟A.2制備的100-200μg 的oligo-DNA混合。
6.將磁珠在50°C下連續(xù)旋轉(zhuǎn)培養(yǎng)過夜。
7.將試管放在磁力分離器上1-3分鐘，當(dāng)液體澄清后，去除上清液。（可選：吸取2-5μl上清液，轉(zhuǎn)移到新的離心管中，并將管標(biāo)記為C2）
8.用室溫溫度的1 ml的washing buffer 清洗磁珠，重復(fù)3次；再用65℃的d2H2O清洗2次。
9.在含有0.2%NaN3的PBS緩沖液中以5 mg/ml的濃度重新懸浮磁珠，并在4°C下儲(chǔ)存。
D.結(jié)合效率計(jì)算
1. 測(cè)量A260的OD值
結(jié)合效率(%) = [(C1-C2)/C1] x 100%
C1:未結(jié)和的oligo DNA溶液A260x稀釋倍數(shù)；C2:結(jié)合后的oligo DNA溶液A260。
2.或者使用使用熒光染料定量C1和C2中核酸濃度。
相關(guān)文獻(xiàn)
1. Ferrier DC, Shaver MP, Hands PJW. Micro- and nano-structure-based oligonucleotide sensors. Biosens Bioelectron. 2015 Jun 15;68:798-810.
2. Sethi D, Gandhi RP, Kuma P, Gupta KC. Chemical strategies for immobilization of oligonucleotides. Biotechnol J. 2009 Nov;4(11):1513-29.
3. Zuo P, Ye BC. A novel immobilization strategy using oligonucleotide as linker for small molecule microarrays construction. Biosens Bioelectron. 2008 Jun 15;23(11):1694-700.
